2002 stieg der VfL Pfullingen in die Bundesliga auf. Über die Relegation wurde der Klassenerhalt knapp gegen Schwerin verteidigt. Der VfL gehörte mit dem kleinsten Etat der Liga seither immer zu den Abstiegskandidaten, konnte sich jedoch immer wieder retten. Mit dem Umzug nach Stuttgart wollte man in neue Dimensionen vorstoßen, doch dem Abstieg 2006 folgte dann insolvenbedingt der Rückzug aus dem Spitzenhandball.

In der Württembergliga nahm man einen neuen Anlauf und kämpfte sich langsam nach oben, 2015 kehrte der VfL dann auf die bundesweite Landkarte zurück und stieg in die 3. Liga auf.